El MINAM+CAF tiene como ámbito de intervención los departamentos de Cusco, Madre de Dios y Puno, por donde atraviesan los tramos 2, 3 y 4 del Corredor Vial Interoceánico Sur (CVIS). El tramo 2 corresponde al departamento de Cusco; el tramo 3 al departamento de Madre de Dios y el tramo 4 corresponde al departamento de Puno.
El Ámbito del Programa está constituido por el espacio denominado zona de influencia del Corredor Vial Interoceánico Sur (CVIS) y abarca 50 km a ambas márgenes, a lo largo de la carretera, en un espacio de 229 168,13 KM2.
En el Ámbito del Programa, se ubican un total de 277 comunidades, de las cuales, 258 son comunidades.
Comprende treinta y cinco (35) distritos de los departamentos de Cusco, Puno y Madre de Dios. Los cuales se detallan a continuación: