Dentro de la calidad del agua y efluentes es la encargada de formular los Estándares de Calidad Ambiental para agua y Límites Máximos Permisibles para efluentes de las diferentes actividades industriales, como resultado de un trabajo en conjunto con los sectores. Estos instrumentos normativos ayudan al cuidado y conservación de los recursos hídricos, así como la protección de la salud de las personas.
Esta área también orienta, en coordinación con otras áreas del Ministerio del Ambiente, a los gobiernos regionales en la definición de los criterios para la elaboración participativa de los planes de recuperación de la calidad ambiental del agua en las cuencas priorizadas en el Plan Nacional de Acción Ambiental.